1.发生场所不同有氧呼吸发生的场所有两个，一是细胞质基质(第一阶段），二是线粒体(第二、三阶段）;而无氧呼吸的两个阶段都发生在细胞质基质中。

2.发生条件不同有氧呼吸需要氧气和多种酶的协助，而无氧呼吸不需要氧气的参与，不过无氧呼吸也需要多种酶的协助。

3.物质变化不同有氧呼吸有氧气的参与，有机物可以被彻底分解成二氧化碳和水；无氧呼吸过程没有氧气参与，有机物分解不彻底，形成乳酸或酒精，以及二氧化碳等。

4.能量变化不同有氧呼吸过程会释放出大量的能量，并形成大量ATP;无氧呼吸过程释放的能量较少，形成少量的ATP，还有部分能量贮存在简单的有机物中。