一般情况下，网商贷逾期协商还款本金后，扣除的罚息是不可退回的。银行和平台会在用户逾期时收取一定的罚息费用，用于弥补逾期造成的损失。所以，如果用户想要避免支付高额罚息，需要在还款到期前及时偿还欠款，同时也需要认真阅读相关协议条款，以免产生误解。
可以协商
网贷逾期三年了，如果与网贷机构协商了还款金额，网贷机构同意用户只还本金，那么用户可以只归还本金。而用户没有与网贷机构协商，或者网贷机构不同意减免利息、逾期利息，那么用户还款金额中就必须包含本金、利息、逾期利息
关于网商贷逾期协商还款本金后还自动扣银行卡的罚息是否可以退回，这取决于贷款合同和银行的政策。通常情况下，如果已经扣除的罚息符合合同约定，那么可能无法退回。但是，如果您认为扣款有误或者存在其他问题，可以尝试与银行或贷款机构协商，看看是否有可能退回。建议您咨询专业律师或相关机构了解具体情况。