陕南地坑院主要采用地面排水系统。院落地面呈“坑”状设计，中央为深坑，周围为浅坑，地面呈缓斜度，将雨水汇聚进深坑中，再经过污水沉淀池进行处理，最终排入下水井，进入排水管道。

此外，地面还铺设有透水铺装，使雨水能够通过自然渗透和渐进排出的方式排入地下水层中，实现了雨水的自然回收和水资源的保护。因此，陕南地坑院的排水系统具有适应性强、节水环保的特点。