南谯的名字来自于古代中国的一个政治实体，叫做“谯国”，谯国曾经是春秋战国时期的一个重要国家，位于今天安徽省的南部地区。
而南谯则是一个以“南”来修饰“谯国”的称呼，因其地理位置处于安徽南部而得名。
此外，南谯也是安徽省较早开发的地区之一，历史悠久，文化资源丰富，拥有许多著名的文化和历史景点，因而被赋予了更多的历史和文化内涵。
春秋战国时先属楚，继属吴、越，再属楚。开皇十八年，改新昌县为清流县，区域属滁州清流县。1912年4月，改滁州为滁县，区域属滁县。1938年11月，属皖北行署第五行政督察区。1943年2月，全椒县部分区、乡划入，改为滁全县。1993年1月，滁县地区撤销，设立省辖滁州市（地级）。同年1月18日，南谯区正式建立，隶属滁州市人民政府。