如果发现有人在小超市内居住，应该及时向有关部门报告并进行处罚。对于居住行为，可以采取如下措施进行处罚：
首先，责令当事人立即搬离，如果不听劝阻可采取驱离措施；
其次，对于违规行为应当从轻到重进行处罚，如警告、罚款、行政拘留等；
最后，加强检查和巡逻力度，确保小超市内不再出现居住行为，做到事前预防和事后处罚相结合。这是维护社区安全和小超市经营的必要措施。
商铺住人会被处罚五万元。如果在商铺中住人，店内会有易燃易爆的物品，就会发生火灾，而消防部门也会严格的查办商铺住人的现象。
现在还有消防法明文的规定，居住场所和生产、储存易燃易爆的危险品不能在一所建筑物种，有关部门会采取一些措施的，有的会给与罚款，罚款的价格会在一万元以上不等。根据不同的城市，规定会有差异。
小超市住人是违法行为，应该受到相关的处罚。 具体的处罚包括但不限于以下几种：
1. 政府部门可以责令业主拆除违建，违规住人。
2. 对店主进行处罚，如罚款、行政拘留等。
3. 给住户发出相应的罚单。
4. 对于不遵守规定且多次违法的个人或单位，可以采取暂时关闭企业和吊销相关营业执照等措施。